--- ./makefile.orig	2009-06-02 17:45:34.000000000 +0200
+++ ./makefile	2014-08-02 12:43:45.000000000 +0200
@@ -25,8 +25,8 @@
 # Makefile for swat, phrap, cross_match, phrapview; also swprobs (currently inactivated)
 #CC= icc
 #CFLAGS= -O2 -wd266,880
-CC= cc
-CFLAGS= -O2
+CC?= cc
+#CFLAGS= -O2
 LFLAGS= -lm
 
 SWATOBJS= swat.o weibull.o
@@ -55,7 +55,7 @@
 
 CALFOBJS= calf_merge.o  calf_utils.o
 
-all:  swat phrap cross_match phrapview cluster loco calf_merge
+all:  swat phrap cross_match phrapview pcluster loco calf_merge
 
 #manyreads:  
 #	touch swat.h;
@@ -131,9 +131,9 @@
 	$(CC) $(CFLAGS) -o $@ gccross_match.o gccall_subs.o $(CROBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(JKBSWOBJS) $(LFLAGS)
 	chmod o-r gccross_match
 
-cluster: makefile $(CLOBJS) call_subs.o $(SCANOBJS) $(SWOBJS)
+pcluster: makefile $(CLOBJS) call_subs.o $(SCANOBJS) $(SWOBJS)
 	$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(CLOBJS) call_subs.o $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(LFLAGS)
-	chmod o-r cluster
+	chmod o-r pcluster
 
 loco: makefile $(LOCOOBJS) $(SWOBJS)
 	$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(LOCOOBJS) $(SWOBJS) $(LFLAGS)
